Từ thời nhà Nguyễn đến trước Cách mạng tháng Tám, xã Đông Yên thuộc tổng Lê Nguyễn, gồm các thôn: Cẩm Nga, Trường Lai, Mục Nhuận, Doãn Xá, Trung Hàng, Phúc Ấm và làng Bằng.[3]

Sau cải cách ruộng đất (1953), thành lập xã Đông Yên. Năm 1954, làng Phúc Ấm được cắt về xã Đồng Tiến, huyện Nông Cống.[4]

Năm 1965, sau khi thành lập huyện Triệu Sơn thì xã Đồng Tiến thuộc huyện Triệu Sơn.

Năm 1977, các xã hữu ngạn sông Chu thuộc huyện Thiệu Hóa sáp nhập với huyện Đông Sơn thành huyện Đông Thiệu, xã Đông Yên thuộc huyện Đông Thiệu.

Năm 1982, huyện Đông Thiệu đổi lại là huyện Đông Sơn, xã Đông Yên lại thuộc huyện Đông Sơn.